Les programmes de recherche sont menés à la fois dans les laboratoires, instituts et les facultés. L’UAM dispose de trois (3) Ecoles Doctorales, trente-un (31) Laboratoires et soixante-dix (70) équipes de Recherche.
Les programmes de recherche s'articulent directement sur les problèmes de développement dans les domaines suivants : la lutte contre les maladies nutritionnelles, l'autosuffisance alimentaire, la protection de l'environnement, la gestion des ressources naturelles, la lutte contre la désertification, l'éducation, la valorisation du patrimoine culturel, la gestion des ressources humaines, les études relatives à l'économie, aux libertés publiques et aux droits de l'homme

L’Université Abdou Moumouni de Niamey est composée de :
• Une (1) École Normale Supérieure (ENS),
• Une Faculté des Lettres et Sciences Humaines (FLSH) ;
• Une Faculté des Sciences et Techniques (FAST) ;
• Une Faculté des Sciences de la Santé (FSS) ;
• Une Faculté d’Agronomie (FA) ;
• Une faculté des Sciences Économiques et Juridiques (FSEG) ;
• Une Faculté des Sciences Juridiques et Politiques (FSJP);
• Un institut des Radio-isotopes (IRI) ;
• Un institut de Recherches en Sciences Humaines (IRSH) ;
• Un Institut de Recherches sur l’enseignement en Mathématiques (IREM) ;
Ces facultés, Ecole Normale Supérieure et Instituts, dirigés respectivement par un Doyen ou Directeur élu dans les mêmes conditions que le Recteur, sont subdivisés en Départements dirigés chacun par un Chef de Département secondé par un adjoint élus.

L’Université Abdou Moumouni s’est engagée dans un processus de structuration de la recherche en son sein. Cette dynamique s’est traduite par la création de laboratoires et d’équipes de recherche rattachées aux trois écoles doctorales créées pour renforcer l’utilité sociale de l’université en lui permettant de répondre au mieux aux besoins de la société.
Ces trois (3) Écoles Doctorales couvrent tous les champs disciplinaires de l’Université. Il s’agit de :
-L’École Doctorale des Sciences de la Vie et de la Terre Champs disciplinaires :
Biologie / Agronomie / Environnement / Géologie / Sciences de la Santé.
L’École Doctorale Lettres, Arts, Sciences de l’Homme et de la Société.
-Champs disciplinaires :
Lettres / Arts / Sciences Humaines / Sciences Juridiques / Sciences politiques/Sciences Économiques / Sciences de Gestion.
-L’Ecole Doctorale des Sciences Exactes et Techniques Champs disciplinaires :
Sciences Chimiques / Sciences de l’Ingénieur / Sciences Physiques / Biochimie / Mathématiques / Informatique.