Le 29 mars 2013, donnant suite à un arrêté du Ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche scientifique en date du 14 mars 2012 portant création d'un cycle de formation conduisant au diplôme de Doctorat, le Recteur de l'Université Abdou Moumouni signe un arrêté portant création de trois Écoles doctorales , à savoir :
@L'École doctorale des Sciences de la Vie et de la Terre dont les champs disciplinaires sont : Biologie / Agronomie / Environnement / Géologie / Sciences de la Santé ;
@L'École doctorale des Lettres, des Arts, des Sciences de l'Homme et de la Société dont les champs disciplinaires sont : Lettres / Arts / Sciences Humaines / Sciences Juridiques / Sciences Économiques / Sciences de Gestion ;
@L'École doctorale des Sciences exactes et techniques dont les champs disciplinaires sont : Sciences Chimiques / Sciences de l'Ingénieur / Sciences Physiques / Biochimie / Mathématiques / Informatique.
Situées au niveau de l'amphi 1000 places de la FSS, les Écoles doctorales gèrent la scolarité des doctorants, la mise en place et le suivi des conventions de co-tutelles de thèse, l'organisation de la formation doctorale, l'aide à l'insertion professionnelle des docteurs et coordonne le suivi des missions des écoles doctorales. Les Écoles doctorales mettent le Centre de Didactique Universitaire (CDPU) à contribution dans le cadre de la formation des doctorants en pédagogie universitaire.